НДІ археологічних культур Буго-Дніпровського межиріччя є структурним підрозділом Уманського державного педагогічного університету імені Павла Тичини. НДІ створено відповідно до рішення вченої ради Уманського державного педагогічного університету імені Павла Тичини та наказом ректора Уманського державного педагогічного університету імені Павла Тичини 16 лютого 2009 р.

Науково-дослідницький інститут з аналогічною назвою створено 8 вересня 2008 року (наказ №384 о/д). Основним чинником, що зумовив появу цієї інституції, є сучасний рівень розвитку історичної науки та інтересів широких кіл громадськості витоками історичної минувшини, досягнень в річищі археології і розвитку локальної історії.